生物濾池的最大優點是構造簡單、操作容易,而且能經受有毒廢水或有機負荷的沖擊。這是因為廢水在生物濾池內的停留時間較短,即使表面的微生物可能被殺死而被脫落去除,又可以露出一層未被傷害的生物體。如果有毒廢水或有機負荷的沖擊持續時間較長,或有毒物質被吸附在生物膜上,生物濾池的處理效果將會受到嚴重影響。